exとは

CSSで扱う単位、ex（エックス）とは、X-Height（エックスハイト）のことです。

※これは後述するPDFに含まれている図です

欧文における子文字のxのHeight（高さ）を基準とした単位がex(エックス)になります。exのeについては、アルファベットの歴史を辿ると見つかります。以下はWikipedia（英語版）から。

Latin alphabet - Wikipedia, the free encyclopedia
http://en.wikipedia.org/wiki/Latin_alphabet

ラテン文字のＸと、ついでにＭの部分を抜粋しました。

Letter（文字の形）	Name（文字の名称）	Pronunciation（文字の発音）
M	em	/em/
X	ex	/eks/

アルファベット（ラテン文字）では元々、xという文字の名称がexなんです。だからexという単位になったわけですね。

参考URL

エックスハイト - 図解DTP用語辞典
http://www.japanlink.co.jp/dtpjiten/e/xhaito.html

印刷技術についてよくわかるPDF（"フォントのサイズ"で検索するといいです）
http://www.jagat.or.jp/pdf/books/21101064.pdf